Hi, Naveed,<br><br>There are a number of papers that contain good sets of "seed patterns" for protein-protein interactions.  For example, see any of Christian Blaschke and Alfonso Valencia's papers from the late 1990s and early 2000s, and also a paper by Ono et al. in Bioinformatics from 1999.  Those will mostly work for DNA, too--Ono et al. specifically included it in their data set.  Also check out Lorrie Tanabe's dissertation.
<br><br>Cell type is a little bit tougher to find in press, but contact <a href="mailto:helen.linguist@uchsc.edu">helen.linguist@uchsc.edu</a> (Helen Johnson) for some starters.<br><br>Kevin<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 11/1/07, <b class="gmail_sendername">Afzal, Naveed</b> <<a href="mailto:N.Afzal@wlv.ac.uk">N.Afzal@wlv.ac.uk</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">




<div>
<div><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Hi,</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>I am looking for the 
useful seed patterns which can be used for relations extraction in biomedical 
domain (Genia Copus) using semi-supervised approach. Uptil now I am able to find 
out the following useful seed patterns:</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>-Protein interacts 
with Protein</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>-Protein binds to 
Protein</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>-Protein induce 
Protein</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Can any one please 
guide me for finding other seed patterns involving (DNA,Cell-Type) 
etc.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Thanks in 
advance.</span></font></div>
<div><font face="Arial" size="2"><span></span></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2"><span>Naveed</span></font></div></div>
<br>_______________________________________________<br>Corpora mailing list<br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:Corpora@uib.no">Corpora@uib.no</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://mailman.uib.no/listinfo/corpora" target="_blank">
http://mailman.uib.no/listinfo/corpora</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>K. B. Cohen<br>Biomedical Text Mining Group Lead<br>Center for Computational Pharmacology<br>303-724-7563 (office) 303-916-2417 (cell) 303-377-9194 (home)
<br><a href="http://compbio.uchsc.edu/Hunter_lab/Cohen">http://compbio.uchsc.edu/Hunter_lab/Cohen</a>