This CFP specifically calls for work on corpus development, so it seemed appropriate for the CORPORA list.<br><br><br>CALL FOR PAPERS: Pacific Symposium on Biocomputing 2012<br><br>Text and Knowledge Mining for Pharmacogenomics: Genotype-phenotype-drug relationships<br>

<br><a href="http://compbio.ucdenver.edu/PSB2012/index.shtml">http://compbio.ucdenver.edu/PSB2012/index.shtml</a><br><br>The technical area of this session is text and knowledge mining for pharmacogenomics, particularly focusing on genotype-phenotype-drug relationships.  Broad categories of work that have been well-studied in the past are included, specifically text mining and reasoning, but submissions are restricted to applications of that work to the constrained area of pharmacogenomics, and particularly genotype-phenotype-drug relationships.  For example, topics that are solicited include:<br>

<br>-Relation extraction between genotypes, phenotypes, and drugs, and other semantic classes relevant to pharmacogenomics<br>- Corpus development for pharmacogenomics text mining<br>- Work on the corpus of documents linked to by PharmGKB<br>

- Reasoning systems applied over the PharmGKB knowledge base<br><br>Work on gene taggers would not be considered for inclusion.  However, work on named entity taggers for other relevant semantic classes, such as drugs and phenotypes, would be considered responsive to the call for papers.<br>

<br>This is a full session, not a workshop, and all accepted papers will be published in the PSB proceedings and indexed in PubMed/MEDLINE.  PSB has long been considered a high-prestige conference for publication of BioNLP papers, and some of the papers from PSB NLP sessions have gone on to be quite influential, such as Fukuda et  al. (1998) on gene mentions and Schwartz and Hearst (2003) on abbreviation definitions.<br>

<br>IMPORTANT DATES<br><br>- Paper submissions due: July 18, 2011, midnight Pacific (note that this is a one-week extension past the normal PSB deadline)<br>- Notification of paper acceptance: September 9, 2011<br>- Final paper deadline: September 23, 2011, midnight PT<br>

- Meeting: January 3-7, 2012<br><br>SUBMISSION INSTRUCTIONS<br><br>Please see <a href="http://compbio.ucdenver.edu/PSB2012/submission.shtml">http://compbio.ucdenver.edu/PSB2012/submission.shtml</a>.<br><br>ORGANIZERS<br>
<br>
Kevin Bretonnel Cohen, U. Colorado School of Medicine<br>Yael Garten, Stanford University<br>Nigam Shah, Stanford University<br>Udo Hahn, Universitat Jena<br><br> <br><br clear="all"><br>-- <br>Kevin Bretonnel Cohen, PhD<br>

Biomedical Text Mining Group Lead, Computational Bioscience Program, <br>U. Colorado School of Medicine<br>303-916-2417 (cell) 303-377-9194 (home)<br><a href="http://compbio.ucdenver.edu/Hunter_lab/Cohen" target="_blank">http://compbio.ucdenver.edu/Hunter_lab/Cohen</a><br>

<br><br><br>