
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="font-family: Arial;">Apologies for cross-posting</div><div style="font-family: Arial;">Please forward this message to colleagues in the areas of interest</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">EXTENDED DEADLINE: July 25, 2014 </div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">Second International Workshop on Definitions in Ontologies (DO 2014) at the International Conference on Biomedical Ontologies (ICBO 2014)</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">October 6-7, 2014</div><div style="font-family: Arial;">Houston, USA</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">Website: <a href="https://sites.google.com/site/definitionsinontologies/">https://sites.google.com/site/definitionsinontologies/</a></div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">This workshop is a follow-up to the workshop on Definitions in Ontologies (DO 2013) held last year in Montreal in conjunction with ICBO 2013. The focus of this second workshop is on definition practices in either human or machine-assisted ontology development.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">PRESENTATION</div><div style="font-family: Arial;">A current problem in ontology development is constructing the needed definitions of terms either logical or in natural language. For example, ontologies built using OBO Foundry principles are advised to include both logical and natural language definitions, but ontology developers too often focus on only one of these, or they pay insufficient attention to whether they are equivalent.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">Explicit definitions of terms in ontologies serve a number of purposes. Logical definitions allow reasoners to create inferred hierarchies, lessening the burden of asserting and checking the validity of subsumptions. Natural language definitions help to ameliorate the pervasive problem of low inter-annotator agreement. In specialized domains, experts will know their own field well, but may only have limited knowledge of adjacent disciplines. Good definitions make it possible for non-experts to understand unfamiliar terms and thereby make it possible for more confident reuse of terms by external ontologies, which in turn facilitates data integration.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">The goal of this workshop is to bring together interested researchers and developers to explore these issues by presenting case studies in a biomedical domain discussing the difficulties that arise when constructing definitions with a view to sharing strategies in the future. Even in the seemingly narrow domain of definition construction, cross-fertilization from related disciplines should yield benefits in quality and help to identify novel approaches.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">Papers submitted should include one or more case studies and raise specific questions related to definitions with a link to a biomedical domain. Reports on successful or unsuccessful methods are both appropriate.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">TOPICS</div><div style="font-family: Arial;">-experiences in formulating definitions</div><div style="font-family: Arial;">-tools that assist in definition editing, including collaborative systems</div><div style="font-family: Arial;">-coordination of logical and textual definitions</div><div style="font-family: Arial;">-validation and quality control of definitions, e.g., checking that definitions comply with the all/some form</div><div style="font-family: Arial;">-methods for constructing definitions from multiple sources</div><div style="font-family: Arial;">-use of controlled languages such as Rabbit or ACE for more user-friendly logical definition creation</div><div style="font-family: Arial;">-use of templates to systematize definition creation</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">FORMAT AND OUTCOMES</div><div style="font-family: Arial;">This will be a half-day workshop with a selected mix of presentations based on accepted papers. In order to promote discussion, each presentation will be followed by a short response by a participant of the workshop to be arranged in advance of the workshop.</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">This workshop will document findings on the workshop’s website (<a href="https://sites.google.com/site/definitionsinontologies/">https://sites.google.com/site/definitionsinontologies/</a>). We expect accepted papers to be published in the Journal of Biomedical Semantics (JBS).</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">INTENDED AUDIENCE</div><div style="font-family: Arial;">-ontologists, tool developers, and domain experts whose work encounters issues regarding definitions</div><div style="font-family: Arial;">-tool developers building definition- or ontology-authoring tools</div><div style="font-family: Arial;">-philosophers and logicians</div><div style="font-family: Arial;">-biomedical researchers working on definitions in nomenclatures such as SNOMED</div><div style="font-family: Arial;">-computer scientists addressing these issues in languages like OWL</div><div style="font-family: Arial;">-NLP researchers working on definition extraction, generation, or checking</div><div style="font-family: Arial;">-NLP/IR researchers reusing definitions produced for ontologies</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">SUBMISSIONS</div><div style="font-family: Arial;">All papers should include one or more case studies and raise specific questions related to definitions with a link to a biomedical domain.</div><div style="font-family: Arial;">Papers should be between 5 and 10 pages long (rendered), excluding references, formatted using the JBS templates at <a href="http://www.jbiomedsem.com/authors/instructions/research#preparing-main-manuscript">http://www.jbiomedsem.com/authors/instructions/research#preparing-main-manuscript</a>, and submitted via EasyChair (<a href="https://www.easychair.org/conferences/?conf=do2014">https://www.easychair.org/conferences/?conf=do2014</a>).</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">IMPORTANT DATES</div><div style="font-family: Arial;">Workshop paper submission EXTENDED DEADLINE: July 25, 2014 </div><div style="font-family: Arial;">Notification of paper acceptance: August 15, 2014</div><div style="font-family: Arial;">Camera-ready copies for the proceedings: September 15, 2014</div><div style="font-family: Arial;">Workshops: October 6-7, 2014</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">ORGANIZING COMMITTEE</div><div style="font-family: Arial;">Selja Seppälä (University at Buffalo, USA)</div><div style="font-family: Arial;">Patrick Ray (University at Buffalo, USA)</div><div style="font-family: Arial;">Alan Ruttenberg (University at Buffalo, USA)</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">PROGRAM COMMITTEE</div><div style="font-family: Arial;">Nathalie Aussenac-Gilles (National Center for Scientific Research (CNRS), France)</div><div style="font-family: Arial;">Mélanie Courtot (MBB Department Simon Fraser University and BC Public Health Microbiology & Reference Laboratory, Canada)</div><div style="font-family: Arial;">Natalia Grabar (Université de Lille 3, France)</div><div style="font-family: Arial;">Janna Hastings (European Bioinformatics Institute, Cambridge, UK)</div><div style="font-family: Arial;">James Malone (European Bioinformatics Institute, Cambridge, UK)</div><div style="font-family: Arial;">Alexis Nasr (Aix Marseille Université, France)</div><div style="font-family: Arial;">Richard Power (The Open University, UK)</div><div style="font-family: Arial;">Allan Third (The Open University, UK)</div><div style="font-family: Arial;"><br></div><div style="font-family: Arial;">SUPPORTED BY</div><div style="font-family: Arial;">The Swiss National Science Foundation (SNSF)</div><div style="font-family: Arial;">The State University of New York at Buffalo</div><div><br></div></body></html>