I don't know of any courses, but there are chapters in a couple of books that deal with some of the methods.<br><br>Keith Johnson's Quantitative Methods in Linguists has a chapter on historical. If I remember right it focuses on the Ringe, Warnow and Taylor-type maximum parsimony method.<br>
Emmanuel Paradis' book on Evolution and Phylogenetics using R has relevant material. <br>Harald Baayen's Analyzing Linguistic Data with R has a chapter on clustering and tree-inference methods.<br>My forthcoming edition of Terry Crowley's Historical Linguistics has a chapter on Computational Methods, with a bit about NeighborNets and Bayesian methods (but it's more about issues in how to code the data and less about the mathematics),<br>
(These are just the textbook treatments; there are other articles that would also serve as good introductions to the methods.)<br><br>Claire<br>