Job: Stage en alternance - Master 2, Fouille de donnees, application en biologie

[Thierry Hamon]

Date: Mon, 02 May 2011 20:27:29 +0200
From: Pierre Gançarski <gancarski at unistra.fr>
Message-ID: <4DBEF791.6050706 at unistra.fr>


Objet : *Stage Master 2 Recherche en alternance - Fouille de données,
application en biologie - Strasbourg
* 
Titre : Fouille de données pour l'alignement multiple de séquences
protéiques

Laboratoire : LSIIT (Laboratoire des Sciences de l'Image, de 
l'Informatique et de la Télédétection) 
http://lsiit-cnrs.unistra.fr/fdbt-fr/index.php/Accueil
Collaboration : LBGI (Laboratoire de Bioinformatique et Génomique 
Intégratives) - http://lbgi.igbmc.fr/

Durée : septembre 2011 à juin 2012 (en alternance 1 semaine de cours/3
semaines en stage chaque mois)
Rémunération : 417 euros/ mois sur 11 mois

Sujet :
Le LBGI a développé, dans le cadre d'une thèse, un système expert pour
l'alignement multiple de séquences protéiques appelé Alexsys
(http://lbgi.igbmc.fr/alexsys/). L'alignement de séquences est un
problème important en biologie et différents algorithmes ont été
développés, donnant des résultats variables selon la séquence à
aligner.  L'objectif d'Alexsys est ainsi de choisir le meilleur
algorithme d'alignement en se basant sur des techniques de fouilles de
données exploitant des caractéristiques de l'alignement que l'on peut
déterminer simplement. L'approche adoptée au cours de la thèse est
basée sur les arbres de décision.
L'objectif de ce stage est de prolonger ce travail, en explorant de
nouvelles techniques de fouille de données, susceptibles d'améliorer
la décision du système.

Le travail demandé inclura un travail bibliographique sur Alexsys et
les techniques de fouille de données envisagées. Il s'agira ensuite de
mettre en oeuvre ces techniques.

Ce sujet peut potentiellement se poursuivre dans le cadre d'une thèse.


Ce stage est soumis à l'acceptation en Master 2 ILC à Strasbourg
(http://master-informatique.unistra.fr/ilc/).

Contacts :
Master ILC : gancarski at unistra.fr

Stage : Agnès Braud (LSIIT - FDBT) - agnes.braud at unistra.fr
            Julie Thompson (IGBMC - LGBI) - julie at igbmc.fr


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