Job: Stage M2 Pro, Construction d'un corpus de connaissances

[Thierry Hamon]

Date: Mon, 11 Feb 2013 17:01:18 +0100
From: Laurie Planes <laurie.planes at gmail.com>
Message-ID: <CAHicC2RQnirNQiLAGx5zdtEUXHWxBbuPf7ifZC8vGkwrDgm-Kw at mail.gmail.com>


*** Proposition de stage de Master Pro 2e année : Construction d’un
corpus de connaissances sur un système de production et de stabilisation
de cellules microbiennes***

Contexte :
Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Ce stage sera réalisé dans le cadre d’une collaboration entre deux
équipes de deux unités INRA, l’équipe « Ingénierie des connaissances »
de l’unité Mét at risk qui travaille en particulier sur la constitution de
bases de connaissances et la construction d’ontologies et l’équipe «
Nutrition et métabolisme » de l’unité GMPA qui travaille en particulier
sur l’objet d’étude de ce stage.

Descriptif :
La production et la stabilisation de cellules microbiennes est un enjeu
majeur pour de nombreuses bio-industries, représentant un marché de 144
milliards de dollars en 2010 et qui devrait atteindre 259 milliards de
dollars en 2016. Les procédés employés sont très énergivores, et face au
contexte énergétique actuel, des améliorations voire des alternatives
doivent être envisagées. Au-delà de la question de l’énergie, c’est la
durabilité du système qui est mise en question, intégrant la dimension
d’épuisement des ressources (énergie, eau, matières premières) mais
aussi l’impact sur l’environnement (e.g. réchauffement climatique) ou
sur la santé humaine (e.g. production de composés toxiques). Cependant,
l'amélioration de la durabilité du procédé ne peut pas se faire sans
tenir compte des contraintes spécifiques aux bioproduits, qui sont très
fragiles et subissent de fortes dégradations au cours des procédés. Les
critères d'évaluation de la qualité du bioproduit au cours des
différentes opérations sont liés à l'état physiologique des cellules et
mesurables à différents niveaux d'échelle (génétique, moléculaire,
cellulaire, population). L'intégration des différents critères (qualité
du bioproduit, performance du procédé, impact environnemental) pour
optimiser globalement le système est nécessaire pour développer des
procédés plus durables tout en préservant la qualité des
micro-organismes.

L’objectif de ce stage est de constituer un corpus de connaissances et
un thésaurus pour la représentation in silico globale d’un système de
production et de stabilisation de cellules microbiennes intégrant les
différentes étapes de production, les niveaux d’échelle nécessaires à la
description de la fonctionnalité du produit, et, les entrées et sorties
liées à l’impact environnemental, tout en prenant en compte la
composante économique du système.

Les étapes du travail seront les suivantes:


   1. Extraction de connaissances issues de sources identifiées et du
      Web pour élaborer et enrichir le corpus de connaissances ;
   2. Prise en compte du caractère multi-échelles du système dans la
      construction du corpus de connaissances ;
   3. Construction d’un thésaurus permettant de représenter la
      connaissance du corpus de façon structurée et hiérarchique

Lieu du stage: AgroParisTech (Paris ou Grignon),
Durée : 6 mois
Stage rémunéré

Contacts : liliana.ibanescu at agroparistech.fr,
caroline.penicaud at grignon.inra.fr,
lydie.soler at paris.inra.fr, laurie.planes at agroparistech.fr

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