Stage: Analyse temporelle des dossiers electronique patient (LIMSI, Orsay)

[Thierry Hamon]

Date: Fri, 17 Jan 2014 09:18:11 +0100
From: Xavier Tannier <xtannier at limsi.fr>
Message-ID: <52D8E743.4050307 at limsi.fr>


Stage M2 : Analyse temporelle des dossiers électronique patient.
[Analysis of temporal relations in Electronic Health Records]

Mots-clés : traitement automatique de la langue, classification, analyse
temporelle, domaine biomédical
Durée : 5 mois
Niveau : Master 2 Recherche
Lieu : LIMSI-CNRS, Orsay

Le contenu et l'ambition du stage pourront être modulés en fonction du
niveau d'étude et de la durée du stage du candidat.

Résumé :

L'objectif de ce stage M2R est d'analyser les dossiers électroniques
patient du point de vue chronologique. À partir d'un ensemble de
documents contenus dans le dossier d'un patient, ce travail permettra de
repérer les événements saillants de l'historique médical du patient
ainsi que les marqueurs temporels associés afin de les agréger dans une
chronologie synthétique.

Contexte :

L'analyse temporelle de textes d'information a pour but général de mieux
localiser dans le temps les événements décrits dans ces textes, et donc
d'alimenter de façon plus précise des moteurs de recherche ou des outils
d'extraction d'information. Pour cela, la première étape est de détecter
correctement les expressions temporelles de ces textes. Ces expressions
temporelles peuvent être des dates absolues, c'est-à-dire que l'on peut
placer sans ambiguïté sur l'axe des temps (par exemple, "le 14 janvier
2008"), mais aussi des dates relatives, qui nécessitent une phase de
résolution ou de normalisation (par exemple, "le 14 janvier dernier",
"dans 6 semaines"). Dans le cadre du dossier électronique patient, des
expressions temporelles propres au domaine de spécialité, le domaine
médical, peuvent également être rencontrées (par exemple, "à 18 semaines
d'aménorrhée", "à j+1").

Les techniques d'analyse temporelle des textes ont fortement progressé
ces dernières années, mais s'attachent en général au domaine
journalistique et particulièrement au cadre des dépêches. Nous
souhaitons étudier un autre domaine de spécialité, le domaine médical,
ainsi qu'un type de document particulier, le dossier électronique
patient. Nous nous intéressons à la caractérisation et au repérage
automatique des expressions temporelles dans les dossiers électroniques
patient afin de déterminer si un traitement spécifique au domaine
médical doit être mis en œuvre ou si des outils développés pour un autre
domaine sont directement utilisables.

Travail à réaliser :

Selon le niveau d'étude de la personne choisie, nous pourrons nous 
intéresser à une ou plusieurs des problématiques suivantes :

- Utilisation et adaptation des outils d'analyse temporelle sur les
  documents cliniques

- Réconciliation des expressions temporelles issues de documents
  différents

- Création d'une ligne temporelle pour représenter l'historique d'un
  patient

On utilisera un corpus de plusieurs centaines de documents cliniques
de-identifiés en français.

Le stagiaire devra avoir de bonnes compétences en informatique. Des
connaissances en traitement automatique de la langue, en terminologie
biomédicale et/ou en apprentissage automatique seront un plus.

Rémunération : gratifications (436.05 € par mois + participation aux
frais de transports)

Dépôts de candidature : envoyez un CV accompagné d'une lettre de 
motivation et de relevés de notes récents à :
Aurelie.Neveol[at]limsi.fr
Xavier.Tannier[at]limsi.fr


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